指云寺位于拉市坝西部山麓，始建于清雍正五年(1727年)，为丽江五大喇嘛寺之一。丽江流传着该寺创建者立相喇嘛和寺名由来的传说：立相本姓和，丽江束河人，原以编竹器为生，后到福国寺剃度为僧。某年，西藏大宝法王来到丽江，召见所有僧侣考核修习功夫，因立相功夫很深，大宝法王就带其进藏深造佛学。立相学成返回丽江弘扬佛法，正在选择建寺地址，相传有个异人，手指西空一片彩云说：“此可建寺。”云下从此建寺，故取名指云寺。
该寺原有13院，现存1个大院及5个小院。大院为二进院落，有门楼、过厅、厢房、大殿，整个建筑外形精巧，内部庭院有植于两三百年前的岩桑、槐、银杏、脑脂梅和云南樱花等五株古树名术，环境幽静古朴。大殿为三重檐楼阁，寺顶覆瓦，雕梁刻柱，明显不同于藏区碉房式建筑，体现出汉、藏、白、纳西建筑艺术交融的特色。左右两侧檐柱粗重踏实，并作双柱础处理，即在覆盆式柱础上置木雕莲花柱础，以便于更换糟朽檐柱，可谓独具匠心。该寺近年大修，焕然一新。寺旁所产蜜桃，个大色艳，清香甘甜，享有盛誉。寺前湖光山色，农舍田畴，错落有致，景致极佳。
近年又在寺后南侧坡上，发现一堵奇石，从不同角度看，该石分别呈现男女生殖器形，据考证属极其神秘的人类早期生殖图腾遗迹。石上水缝剖面还有梵文、藏文，经丽江喇嘛辨识，内容可读的有开光经中的吉祥咒、观音大悲咒、金刚亥母咒等。据说，旧时当地婚后无子女者必到此石旁焚香脆拜以求子嗣，凡到指云寺敬香拜佛的民众也必先到石旁拜祭。此石刻经文及生殖图腾遗迹的发现，给指云寺增添了一大奇景。
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