Setelah lulus, Van Deventer bekerja sebagai dokter di Hindia Belanda (Indonesia). Ia ditempatkan di berbagai daerah, termasuk di Jawa, Sumatra, dan Kalimantan. Selama bekerja di Hindia Belanda, Van Deventer melihat langsung bagaimana buruknya kehidupan rakyat Indonesia. Mereka hidup dalam kemiskinan, kebodohan, dan penyakit.
Van Deventer sangat prihatin melihat kondisi rakyat Indonesia. Ia mulai menulis artikel-artikel dan ceramah-ceramah untuk membela nasib mereka. Ia menyerukan agar pemerintah Belanda memberikan perhatian lebih kepada kesejahteraan rakyat Indonesia. Van Deventer juga mengusulkan agar pemerintah Belanda membangun sekolah-sekolah dan rumah sakit untuk rakyat Indonesia.
Pada tahun 1901, Van Deventer menerbitkan sebuah buku berjudul "Een Eereschuld" (Hutang Budi). Dalam buku ini, Van Deventer menguraikan tentang kondisi rakyat Indonesia dan menyerukan agar pemerintah Belanda mengambil tindakan untuk memperbaikinya. Buku ini mendapat sambutan yang baik dari masyarakat Belanda. Pemerintah Belanda pun mulai mengambil langkah-langkah untuk memperbaiki kondisi rakyat Indonesia.
Van Deventer meninggal di Belanda pada tanggal 4 November 1915. Ia dimakamkan di Westerveld Cemetery, Driehuis, Belanda. Van Deventer dikenang sebagai seorang pahlawan yang memperjuangkan nasib rakyat Indonesia.