- Lake Chapala
- Lake Patzcuaro
- Lake Cuitzeo
- Lake Zirahuén
- Lake Tequesquitengo
Crater lakes:
- Lake Atitlán:
- Lake Amatitlán
- Lake Izabal
Lagoons:
- Laguna de Términos
-Marisma Nacional
-Laguna Joyuda
-Laguna Bacalar
-Laguna Xel-Há
